< 기업부설연구소를 이용한 절세 방안 검토 >
Ⅰ. 기업부설연구소에 대한 지원내용의 요약
기술개발촉진법에 근거한 기업부설연구소를 설립한 기업은 벤처기업확인을 받는데 있어서 유리하며,
기업부설연구소가 있는 경우에 조세특례제한법·지방세법·관세법에서 조세지원을 적용받을 수 있다. 이하
기업부설연구소에 대한 지원내용을 요약하기로 한다.
1. 기업부설연구소의 설립에 의한 벤처기업 확인
(1) 벤처기업의 요건
『벤처기업육성에관한특별조치법』에 의하면, 기업부설연구소를 설립한 기업이 일정 기준 이상에 해당하는
연구개발비 실적이 있는 경우에 다른 요건이 충족되면 벤처기업이 될 수 있다. 그러나 2002년 11월 1일
이후 벤처기업의 요건이 강화되어 연구개발비의 금액이 일정 금액 이상이어야 하고, 매출액에 대한 연구
개발비의 비율도 일정한 기준 이상이어야 벤처기업이 될 수 있도록 하고 있다. 개정된 벤처기업의 요건은
나중에 검토하기로 한다.
(2) 벤처기업에 대한 조세지원
창업 후 2년 이내에 『벤처기업육성에관한특별조치법』에 의하여 벤처기업으로 확인받는 경우에 다양한
조세지원을 받을 수 있다. 그 중에서 중요한 내용을 요약하면 다음과 같다.
① 법인세 또는 소득세의 6년간 50% 감면
② 등록세 및 취득세의 2년간 면제
③ 재산세 및 종합토지세의 5년간 50% 감면
④ 주식매수선택권 부여 후 행사시 법인에 대한 손금인정 및 개인에 대한 일정금액 비과세
이상과 같이 기업이 기업부설연구소를 설립하고 창업 후 2년 내에 벤처기업으로 확인받는 경우에는 다른
기업에 비하여 상당히 유리한 조세혜택을 받을 수 있다. 따라서 가능하면 창업 후 초기에 벤처기업확인을
받을 수 있도록 노력하여야 할 것이다.
2. 기업부설연구소에 대한 내국세 지원
기업이 기업부설연구소를 갖춘 경우에 다음과 같은 조세지원을 받을 수 있다. 이것은 벤처기업으로 확인
받지 않은 경우에도 기업부설연구소를 보유하는 기업에 대하여 지원하는 것이므로, 절세를 기대하는
기업은 기업부설연구소의 설립을 추진할 필요가 있다.
① 연구 및 인력개발준비금의 손금산입[조세특례제한법 제9조]
② 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제[조세특례제한법 제10조]
③ 연구시험용 시설투자에 대한 세액공제[조세특례제한법 제11조]
3. 기업부설연구소에 대한 지방세 지원
지방세법에서도 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에, 다음과 같은 조세지원
규정을 두고 있다[지방세법 제282조].
① 취득세 및 등록세 면제
② 재산세 및 종합토지세 면제
4. 기업부설연구소에 사용하는 연구개발용 자재에 대한 관세지원
관세법에서도 연구개발용 자재의 수입에 대하여 다음과 같은 조세지원을 적용하고 있다[관세법 제90조].
① 연구개발용 기자재에 대한 관세경감 지원[관세법90, 시행규칙37]
② 연구개발용 시약·재료 등에 대한 관세경감 지원[관세법90, 시행규칙37]
5. 기업부설연구소 설립기업에 대한 자금지원 및 조세지원
(1) 기업부설연구소 설립 기업에 대한 자금지원
기업이 기업부설연구소를 갖추고 있는 경우에 다음과 같은 국가연구개발사업에 참여할 수 있고, 연구
개발비 등 자금의 지원을 받을 수 있다.
1) 특정연구개발사업에 참여
과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업("특정연구개발사업")에 관한
계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 일정한 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할
수 있다. 기업부설연구소는 그 연구개발수행기관에 포함되며, 연구개발사업에 참여하는 경우에 연구와
운영 등에 소요되는 경비를 출연금으로 지급받을 수 있다[기술개발촉진법 제7조, 제8조].
2) 산업기술개발사업에 참여
산업자원부장관은 산업기반기술개발계획을 효율적으로 추진하기 위하여 관계중앙행정기관의 장과 협의
하여 일정한 기관·단체 및 사업자 등으로 하여금 산업발전에 필요한 기술의 개발사업("산업기반기술개발
사업")을 실시하게 할 수 있다. 기업부설연구소는 그 연구개발수행기관에 포함되며, 연구에 필요한 자금
지원을 받을 수 있다[산업발전법 제24조, 제25조, 동법 시행령 제21조, 제23조].
3) 기술기반조성사업에 참여
산업자원부장관은 기술기반조성계획을 효율적으로 시행하기 위하여 관계중앙행정기관의 장과 협의하여
기술기반조성에 관한 "기술기반조성사업"을 추진하여야 하며, 일정한 기관?법인 및 단체 등("주관기관")
으로 하여금 기술기반조성사업을 실시하게 할 수 있다. 기업부설연구소는 주관기관이 될 수 있으며, 이
경우 기술기반조성사업을 실시하는데 소요되는 비용에 대하여 출연 등 필요한 지원을 받을 수 있다
[산업기술기반 조성에 관한 법률 제5조, 동법 시행규칙 제1조의2].
(2) 중소기업정보화 지원사업에 대한 과세특례
조세특례제한법 제5조의2에는 중소기업기본법의 중소기업자가 다음에 설명하는 바와 같이 『중소기업
기술혁신촉진법 제18조』,『산업기술기반조성에 관한 법률 제5조』 및 『정보화촉진기본법 제34조
제2항』의 규정에 의하여 지급받는 중소기업 정보화지원사업을 위한 출연금 등을 전사적 기업자원관리
설비 또는 전자상거래설비, 생산공정 정보화시스템 등 조세특례제한법시행령 제4조의2에 규정하는
정보화시스템 설비에 투자하는 경우에는 소득세법 제32조 및 법인세법 제36조[국고보조금 등으로 취득한
사업용 자산가액의 손금산입]의 규정을 준용하여 일시상각충당금을 설정하는 방법으로 손금에 산입할
수 있도록 하고 있다[조세특례제한법 제5조의2].
기업부설연구소를 갖춘 기업이 『산업기술기반조성에 관한 법률 제5조』에 근거하여 "기술기반조성사업"
에 참여하여 산업자원부 장관으로부터 출연금을 지원받는 경우에, 당해 출연금에 대하여 조세특례제한법
에 의해서 과세이연도 적용받을 수 있는 것이다.
1) 중소기업 정보화 지원사업[중소기업기술혁신촉진법 제18조]
중소기업청장은 중소기업의 정보화에 필요한 중소기업 정보화의 기반조성과 정보기술의 보급·확산에 관한
지원사업을 추진할 수 있다. 중소기업청장은 당해 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 필요하다고 인정할
때에는 대학·연구기관·공공기관·민간단체 및 중소기업 등에 소요되는 비용을 출연할 수 있다.
2) 기술기반조성사업[산업기술기반조성에관한법률 제5조]
산업자원부장관은 기술기반조성계획을 효율적으로 시행하기 위하여 관계중앙행정기관의 장과 협의하여
기술기반조성에 관한 "기술기반조성사업"을 추진하여야 하며, 일정한 기관·법인 및 단체 등으로 하여금
기술기반조성사업을 실시하게 할 수 있다. 앞에서 설명한 대로 기업부설연구소는 그 실시기관으로 참여할
수 있다.
3) 정보화촉진기금의 용도[정보화촉진기본법 제34조 제2항]
정보화촉진기금은 기본계획에 따라 시행되는 다음 중 어느 하나에 해당하는 사업의 지원을 위하여
운용한다.
① 초고속정보통신기반의 구축 및 이용활성화사업
② 공공·지역·산업·생활·장애인을 포함한 사회적 약자의 복지 등 각 분야의 정보화촉진사업
③ 정보통신에 관한 연구개발사업
④ 전파방송의 연구개발 및 지원사업
⑤ 정보통신관련 표준의 개발?제정 및 보급사업
⑥ 정보통신기술인력의 양성사업
⑦ 기타 정보화촉진 등을 위하여 위원회에서 필요하다고 인정한 사업
6. 기타 지원내용
위에서 설명한 조세지원 및 자금지원 이외에도 기업부설연구소에 근무하는 인원에 대하여 다음과 같은
지원이 적용되며, 보다 중요한 것은 기업부설연구소를 설립하고 실질적인 기술개발이 이루어지는 경우에
해당 기업은 여러 가지 면에서 경쟁력을 갖출 수 있을 것이므로 기업경쟁력 강화를 위하여 필요한 것이다.
① 중소기업 판정시 연구전담요원을 근로자의 수에서 제외
[중소기업기본법시행령 제5조, 조세특례제한법시행규칙 제2조]
② 일정한 기업부설연구소의 연구전문요원에 대한 병역특례제도 적용[병역법 시행령72]
이상의 지원 이외에도 기업부설연구소를 보유한 기업에 대하여 우선적으로 지원하는 제도가 다수 존재
하지만, 이하에서는 「개정된 벤처기업의 요건 및 조세지원내용」과 「기업부설연구소에 대한 직접적인
조세지원제도」를 중심으로 보다 구체적으로 확인하기로 한다.
Ⅱ. 개정된 벤처기업의 요건과 벤처기업에 대한 조세지원 확인
1. 벤처기업의 요건 확인
최근 『벤처기업육성에관한특별조치법』이 개정되어 2002년 11월 1일부터 시행되고 있고 그에 따라
『벤처기업확인요령』도 개정·고시되어 2002년 11월 15일부터 시행되고 있다. 벤처기업의 요건이 종전
과는 다르게 일부 개정되었으므로 향후 벤처기업확인을 받고자 하는 기업은 개정된 내용에 따라 준비를
하여야 한다. 개정된『벤처기업육성에관한특별조치법』제2조의2에 의해서 벤처기업은 다음의 요건을
갖추어야 한다.
(1) 벤처기업이 되기 위한 공통적인 요건
벤처기업이 되기 위해서는 다음의 두 가지 공통적인 요건을 모두 갖추어야 한다.
1) 중소기업기본법상 중소기업일 것
벤처기업은 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업일 것을 요건으로 한다. 이것은 종전과 동일한
내용이다.
2) 기술 및 경영혁신에 관한 능력에 대한 평가
개정된『벤처기업육성에관한특별조치법』에서 벤처기업은「중소기업진흥공단·기술신용보증기금 등
일정한 "벤처기업 평가기관"으로부터 기술 및 경영혁신에 관한 능력이 우수한 것으로 평가받을 것」을
요건으로 하고 있다. 이것은 종전과 다르게 개정된 내용으로 벤처기업 확인을 받기 위해서 적용되는 공통
적인 요건이다.
(2) 벤처기업이 되기 위한 개별적인 요건
벤처기업이 되기 위해서는 위의 공통적인 요건을 충족하고, 다음 중 어느 하나에 해당하여야 한다. 이하
개별적인 요건은 종전의 규정에서 일부 개정된 내용이다.
1) 창업투자회사 등으로부터 투자를 받은 기업
기업의 자본금 중 다음 중 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율 및 그 비율을
유지하는 기간이 각각 일정한 기준[㉠ 비율 : 자본금의 10%, ㉡ 기간 : "벤처기업확인요청일"의 직전 연속
하여 6월] 이상인 기업일 것.
① 중소기업창업투자회사
② 중소기업창업투자조합
③ 신기술사업금융업자
④ 신기술사업투자조합
⑤ 한국벤처투자조합
⑥ 다산벤처주식회사
2) 기업부설연구소를 보유한 기업의 연구개발비가 일정기준 이상인 기업
기업(기술개발촉진법의 규정에 의한 기업부설연구소를 보유한 기업에 한한다)의 연간 연구개발비와 연간
총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 다음에 정한 기준 이상인 기업일 것
① 벤처기업확인요청일이 속하는 분기의 직전4분기의 연구개발비가 5천만원 이상일 것
② 벤처기업확인요청일이 속하는 분기의 직전4분기의 총매출액에 대한 연구개발비의 비율이 5% 이상
으로서 중소기업청장이 업종별로 정하여 고시하는 비율 이상일 것. 다만, 창업 후 3년이 경과하지
아니한 기업은 ②의 기준을 적용하지 아니한다.
3) 기술성 또는 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업
다음 각각의 권리 또는 기술을 이용하여 사업화하는 기업(창업하는 기업을 포함한다)으로서 중소기업진흥
공단·기술신용보증기금 등 "벤처기업 평가기관"으로부터 기술성 또는 사업성이 우수한 것으로 평가받은
기업
① 특허권(특허출원을 한 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)
② 조세특례제한법 제121조의2[외국인투자에 대한 법인세등의 감면] 제1항 제1호의 규정에 의하여 조세
감면대상이 되는 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업과 관련된 기술로서 자체개발한
기술이거나 외국인투자촉진법의 규정에 의하여 외국인과의 기술도입계약의 체결에 따라 신고한 기술
③ 기술이전촉진법 제2조 제5호의 규정에 의한 공공연구기관으로부터 이전받거나 동법 제6조의 규정에
의한 한국기술거래소를 통하여 이전받은 기술
④ 다른 법률에 의하여 중앙행정기관이 연구개발에 관한 과제를 특정하여 연구개발비의 전부 또는 일부를
출연하는 연구개발기술로서 『벤처기업육성에관한특별조치법 시행령』제2조의3 제4항에 정하는 기술
(3) 개정된 벤처기업요건에 대한 경과조치
1) 「벤처기업육성에관한특별조치법」의 경과조치
「벤처기업육성에관한특별조치법」은 개정되어 2002년 11월 1일부터 시행되고 있지만, 동법[법률
제6723호] 부칙 제3조에서 다음과 같이 「벤처기업 확인에 대한 경과조치」를 두고 있다.
① 개정 법률 시행당시[2002년 11월 1일] 종전의 제25조[벤처기업의 해당 여부에 대한 확인]의 규정에
의하여 벤처기업으로 확인받은 기업은 종전의 규정에 의한 유효기간까지 제25조의 개정규정에 의하여
벤처기업으로 확인받은 것으로 본다.
② ①에 의하여 확인 의제된 벤처기업에 대하여 제25조의2[벤처기업 확인의 취소] 제1항 제2호의 개정
규정에 의한 벤처기업의 요건에 관한 사항을 적용함에 있어서는 제2조의2[벤처기업의 요건]의 개정
규정에 불구하고 종전의 제2조[정의(벤처기업의 정의)]의 규정에 의한다.
2) 벤처기업확인요령의 경과조치
개정된『벤처기업확인요령』[중소기업청 고시 제2002-17호]에 따르면, 벤처기업 확인 신청을 다음과
같이 진행하도록 하고 있다[벤처기업확인요령 제4조].
「벤처기업임을 확인받고자 하는 기업은 『혁신능력진단표』와 벤처기업 확인 신청서(별지 제1호서식)를
작성하여, 벤처넷을 통해 지방중소기업청장에게 벤처기업 확인을 신청하여야 한다. 예비벤처기업으로
확인받고자 하는 경우에도 또한 같다」.
한편, 동 벤처기업확요령의 부칙에는 다음과 같은 경과조치를 두고 있다.
① 지방중소기업청장은 종전 요령(중소기업청 고시 제2002-15호)에 의거, 2002년 4월 1일 이후 벤처기업
임을 확인받은 기업이 이 요령[중소기업청 고시 제2002-17호의 벤처기업확인요령]에 의한 벤처기업
요건에 해당하는지 여부를 확인하여, 벤처기업의 요건에 해당될 경우 확인서를 재발급하여야 한다. 이
경우 이 요령에 의한 투자비율 유지기간(6개월) 요건과 최소 연구개발비(5천만원) 요건을 각각 적용
하지 아니한다.
② ①에 의하여 재발급하는 확인서의 유효기간은 이 요령 고시일로부터 벤처투자기업은 1년, 연구개발
기업 및 신기술기업은 2년으로 한다.
2. 벤처기업에 대한 조세지원내용 확인
창업 후 2년 이내에 『벤처기업육성에관한특별조치법』에 의하여 벤처기업으로 확인받은 "창업벤처중소
기업 등"의 경우에 조세특례제한법에 의하여 다음과 같은 조세지원을 받을 수 있다.
(1) 법인세 또는 소득세의 감면
벤처기업으로 확인 받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의
개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의
50%에 상당하는 소득세 또는 법인세액을 감면한다[조세특례제한법 제6조 제2항].
(2) 등록세의 면제
창업벤처중소기업에 대하여 다음에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일부터 2년
이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을
추징한다[조세특례제한법 제119조 제3항].
① 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기
② 벤처기업육성에관한특별조치법의 규정에 의하여 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그
확인을 받은 날부터 6월 이내에 행하는 법인설립의 등기
(3) 취득세의 면제
창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 내에 취득하는 사업용재산에 대하여는
취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용
하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다[조세특례제한법 제120조 제3항].
(4) 재산세 및 종합토지세 감면
창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 소유하는 사업용 재산에 대하여는 창업일로부터 5년
간은 재산세 및 종합토지세의 50%를 감면한다[조세특례제한법 제121조].
(5) 창업벤처중소기업에 대한 농어촌특별세의 비과세
창업벤처중소기업에 대한 다음의 조세감면에 대하여 농어촌특별세도 비과세를 적용한다
[농어촌특별세법 제4조].
① 창업중소기업 및 창업벤처중소기업에 대한 세액감면[조세특례제한법 제6조]
② 창업중소기업·창업벤처중소기업에 대한 등록세 면제[조세특례제한법 제119조 제3항]
③ 창업중소기업·창업벤처중소기업에 대한 취득세 면제[조세특례제한법 제120조 제3항]
(6) 주식매수선택권에 대한 과세특례의 적용
1) 주식매수선택권에 대한 과세특례의 내용
조세특례제한법 제15조에 따르면, "창업법인 등[창업자·신기술사업자·벤처기업·부품소재전문기업·주권
상장법인·협회등록법인 등]"의 종업원 등[임원 포함]이 일정한 요건에 따라 주식매수선택권을 2003년
12월 31일까지 부여받아 이를 행사하는 경우에 다음과 같은 과세특례를 적용한다.
① 주식매수선택권을 행사하는 자의 이익에 대하여 일정금액 비과세
주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익(주식매수선택권의 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의
차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)중 연간 3천만원 한도 내의 금액은 이를 근로소득
·사업소득 또는 기타소득에서 제외하도록 하고 있다[조세특례제한법 제15조 제1항].
② 주식매수선택권 행사시 당해 법인의 손비 인정
"창업법인 등" 일정한 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여하고 그 종업원 등이 이를 행사함에 따라 그
주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우(종업원 등이 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는
이익이 연간 3천만원을 초과하는 경우를 포함한다)에는 법인세법 제52조[부당행위계산의 부인]의
규정에 불구하고 당해 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다
[조세특례제한법 제15조 제3항].
2) 벤처기업에 대한 적용
주식매수선택권에 대한 과세특례를 적용받는 법인의 범위에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의하여
주식매수선택권을 부여할 수 있는 벤처기업으로서『부여하려고 하는 주식매수선택권의 수량·매입가액
·대상자 및 기간 등』관한 사항을 당해 법인의 정관에 기재하고 이를 벤처기업육성에 관한 특별조치법의
규정에 의하여 중소기업청장에게 신고한 내국법인」을 포함하고 있다. 이 경우에는 벤처기업으로서 주식
매수선택권을 부여할 수 있는 기업[벤처기업육성에관한특별조치법 제16조의3(벤처기업의 주식매수
선택권)에서 규정]에게 적용되는 것이므로, 창업벤처중소기업[창업 후 2년 이내에 벤처기업확인 받은
기업]일 것을 요건으로 하지 아니한다.
Ⅲ. 기업부설연구소에 대한 조세특례제한법의 지원
1. 연구 및 인력개발준비금의 손금산입
(1) 적용요건
1) 적용대상업종
소비성서비스업을 영위하지 아니하는 내국인[내국법인 및 거주자]에게 적용한다. 적용대상법인의 업종을
포괄적으로 규정하고 있다[조세특례제한법 제9조].
2) 연구 및 인력개발비의 발생
2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 [연구 및 인력개발을 위한 비용] 중
조세특례제한법시행령 [별표6]의 비용이 있는 경우에 적용한다. 조세특례제한법 시행령 [별표6]에서
기업부설연구소 및 연구개발전담부서에 대한 인건비 및 연구용 재료비를 포함하고 있다.
(2) 세액공제 방법
세액공제 요건을 충족하는 경우에 다음의 [증가금액기준]과 [당해 과세연도 발생기준] 중 하나를 선택
하여 세액공제를 적용 받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 [증가금액기준]의 규정만
적용한다.
1) 증가금액 기준
당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·
인력개발비의 연평균 발생금액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을
당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법을 적용한다.
[주]: 2002년말 정기국회 제출 조세특례제한법 개정(안)에 따르면, 중소기업이 아닌 경우 증가금액기준
공제율을 현행의 50%에서 40%로 내리는 것으로 (안)을 제시하고 있다.
2) 당해 과세연도 발생금액 기준
당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세
(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법을 적용한다.
3. 연구 및 인력개발 준비금과 세액공제 적용시 유의할 사항
(1) 조세지원 업종의 제한 완화
종전에는 연구 및 인력개발준비금 손금산입, 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함에 있어서 적용대상
업종을 열거하여 규정하고 있었으나, 2000년 말 개정세법에서 업종을 포괄적으로 규정하여 업종제한을
완화하였으므로, 소비성서비스업을 제외한 내국인은 모두 적용받을 수 있다.
(2) 기업부설연구소와 연구개발 전담부서의 적용
벤처기업의 확인을 받는데 있어서는 기업부설연구소의 연구개발비를 적용하며, 연구개발전담부서의
연구개발비는 인정되지 않지만, 조세특례제한법의 연구 및 인력개발준비금 손금산입, 연구 및 인력개발비
세액공제에서는 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구개발비가 모두 적용된다.
(3) 발생주의 적용
종전에는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함에 있어서 비용을 지출기준으로 적용하였으나, 2000년말
개정 조세특례제한법[제10조]에 의하여 발생주의로 전환되었다. 따라서 당해 과세연도에 연구개발비로서
발생한 금액이 연구 및 인력개발비 세액공제의 계산에 적용된다.
(4) 세액공제 등의 적용과 계정과목과의 관계
법인세법은「신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의
경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것」을 무형자산으로 분류하고 있고, 그 외의 연구개발에 대한
비용은 당기의 손비로 처리하도록 하고 있다.
기업회계기준서 제3호에서는「연구단계에서 발생한 지출」은 무형자산으로 인식할 수 없고 발생한 기간의
비용으로 처리하도록 하고 있고, 개발단계에서 발생한 지출은 자본화요건을 모두 충족하는 경우에만
무형자산으로 인식하고, 그 외의 경우에는 경상개발비의 과목으로 하여 발생한 기간의 비용으로 인식
하도록 하고 있다.
그러나 연구 및 인력개발준비금의 사용기준 또는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함에 있어서는
계정과목의 처리와 관계없이 실제 발생된 내용을 기준으로 적용하여야 한다. 즉, 기업회계에서의 계정
과목처리와 관계없이 조세특례제한법시행령 [별표5]와 [별표6]에 근거하여 세무처리를 하여야 할
것이다. 따라서 기업회계에서 개발비로 무형자산 회계처리를 하고 감가상각을 하는 경우에도 당해 감가
상각비는 연구 및 인력개발비의 세액공제 대상이 되지 아니한다.
(5) 중복적용의 여부 : [준비금·세액공제]
조세특례제한법시행령 별표5의 [연구 및 인력개발준비금 사용기준]과 별표6의 [연구 및 인력개발비의
세액공제 적용대상]에서 상당부분이 중복되어 있다. 이에 대하여 조세특례제한법상의 중소기업[조세
특례제한법시행령 제2조]은 준비금사용과 세액공제에 중복하여 적용할 수 있는 반면, 조세특례제한법
상의 중소기업 이외의 사업자는 중복적용할 수 없다[조세특례제한법 제9조 제2항 제1호].
(6) 연구 및 인력개발비 금액의 계산
연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함에 있어서 중소기업이 아닌 사업자는 증가금액기준만 적용할 수
있음을 설명하였다[조세특례제한법 제10조 제1항]. 그런데 증가금액기준에 의하여 직전 4년간 연구
개발비를 집계함에 있어서 다음의 사항에 유의하여야 한다.
1) 기간개념의 적용
소급하여 4년간을 적용하는 것이므로 기간의 개념을 적용하여야 한다. 4개의 사업연도를 적용하는 기준이
아니라 4년의 기간을 적용하는 것이다. 다만, 최초 과세연도 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의
기간이 48월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을
당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다
[조세특례제한법시행령 제9조 제3항].
2) 증가금액의 계산기준
연구 및 인력개발비 세액공제액을 계산함에 있어서 계속사업자의 당해 과세연도 개시일로부터 소급하여
4년간 발생한 기술·인력개발비의 연평균지출액은 발생금액이 없는 연도가 있더라도 직전 4년간 발생금액
의 단순합계액을 평균한 금액으로 하는 것이며[법인 46012-1902, 2000.9.9.], 당해 과세연도의 개시일로
부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 발생금액이 전혀 없는 경우에는 증가기준에 의한 세액
공제를 적용 받을 수 없다[법인 22601-1277, 1992.6.10.]. 당해 과세연도 이전에 연구 및 인력개발비의
발생금액은 있었으나, 연구 및 인력개발비의 세액공제를 받지 못한 경우에도 당해 금액을 4년간 발생한
연구 및 인력개발비의 범위에 포함하여 계산한다[법인46012-1592, 2000.7.18.].
4. 연구시험용 시설투자에 대한 세액공제
(1) 개요
내국인이 2003년 12월 31일까지 [연구 및 인력개발] 또는[신기술의 기업화]를 위한 시설에 투자(중고
품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 10% 에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한
날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다
[조세특례제한법 제11조].
[주]: 2002년말 정기국회 제출 조세특례제한법 개정(안)에 따르면, 연구시험용 시설투자에 대한 세액
공제율을 현행의 10%에서 7%로 내리는 것으로 되어있다.
(2) 적용대상 시설
연구 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설은 다음에 해당하는 시설을 말한다.
① 연구시험용 시설, ② 직업훈련용 시설, ③ 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산
여기에서 [연구시험용 시설]은 기업부설연구소·연구개발전담부서 및 산업기술연구조합에서 직접 사용
하기 위한 연구시험용시설로서 [공구·사무기기 및 통신기기, 시계·시험기기 및 계측기기, 광학기기 및
사진제작기 등과 업종별 자산]을 의미한다[조세특례제한법시행규칙 제8조 제1항].
(3) 투자금액 및 세액공제금액
연구 및 인력개발을 위한 설비투자세액공제는 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에
대한 소득세에 한함) 또는 법인세에서 공제한다. 그러나 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는
경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 연구 및 인력
개발 설비투자 세액공제규정을 적용 받을 수 있다.
Ⅳ. 기업부설연구소에 대한 지방세법 등의 지원
1. 적용요건
기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의
것에 한한다)에 대하여 지방세 지원을 적용한다[지방세법 제282조]. 여기에서의 기업부설연구소는 토지
또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호["기업연구소"]의 규정에 의한
기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말하므로, 기업부설연구소는 적용대상이
되지만, 연구개발전담부서는 적용대상이 되지 못한다.
2. 지방세 지원내용
기업부설연구소에 대한 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용
하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 2년 내에 연구소를 폐쇄
하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다
[지방세법 제282조].
3. 해석사례
(1) 취득 후 4년 이내에 기업부설연구소를 설치하지 않는 경우 추징
부동산을 기업부설연구소용으로 취득 후 4년내에 기업부설연구소를 설치해 사용 않고, 사무실 등으로
사용하는 경우 면제된 취득·등록세는 추징대상이 된다[지방세심사2002-169, 2002.4.29.].
(2) 농어촌특별세 비과세
기업부설연구소에 대한 취득·등록세 감면분은 농어촌특별세 비과세대상이다[세정 13407-544, 2001.11.
15.]. 현행 농어촌특별세법시행령 제4조 제6항에는 지방세법 제282조[기업부설연구소용부동산에 대한
면제]에 의하여 지방세를 감면받는 분에 대하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있다.
Ⅴ. 기업부설연구소에 대한 관세법의 지원
1. 적용 대상기업
관세법의 학술연구용품의 관세감면 중에는 기업부설 연구소 또는 연구개발 전담부서(기술개발촉진법
·시행규칙에 의한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서)를 설치하고 있는 기업이 일정한 물품을 수입하는
경우에는 그 관세를 감면할 수 있도록 하고 있다[관세법 제90조 제1항 제5호].
2. 감면대상 수입물품 및 감면율
당해 기업이 산업기술의 연구·개발에 사용하기 위하여 수입하는 물품으로서 다음에 해당하는 물품을
수입하는 경우에 관세의 감면율을 80%로 적용한다.
① 산업기술의 연구·개발에 사용하기 위하여 수입하는 물품으로서 관세법시행규칙 [별표 1]의 물품 : [펌프, 압축기, 주입기, 증발기 등 기자재]
② 시약·부분품(연구·개발에 직접 사용되는 것에 한한다)·원재료 및 견품 등
Ⅵ. 기업부설연구소와 연구개발전담부서의 설립(설치)요건
1. 기업부설연구소의 설립
(1) 기업부설연구소 설립의 개요
"기업부설연구소"라 함은 다음의 구분에 따른 『연구전담요원』을 통상적으로 확보하고 『독립된 연구
시설』을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의
인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여
필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다[기술개발촉진법시행령 제15조 제1항].
즉, 기업부설연구소는 인적요건(연구전담요원)과 물적요건(독립된 연구시설)을 갖추고 신고를 하여
인정을 받은 기관임을 알 수 있다.
① 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소[중소기업 부설형] : 5인
이상
② 국외에 있는 기업부설연구소[해외 지역 설치형] : 5인 이상
③ 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처
기업육성에관한특별조치법의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소[연구원 창업 또는
벤처기업 부설형] : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)
④ ① 내지 ③ 외의 기업부설연구소[대기업 부설형] : 10인 이상
(2) 연구전담요원의 요건
1) 연구전담요원에 대한 일반적인 기준
연구전담요원은 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술·기능계의 기사
이상의 기술자격을 가진 자이어야 한다. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인분야의 연구전담요원의 경우
에는 자연계분야가 아닌 분야의 학사학위를 가진 자로 할 수 있다[기술개발촉진법시행령 제15조 제2항].
2) 중소기업 부설형 기업부설연구소의 연구전담요원
중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업의 부설연구소의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에
관한 학과의 소정의 과정을 마치고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술
자격법에 의한 기술·기능계의 산업기사의 기술자격을 가진 자로서 해당 연구분야에 2년 이상 근무한 자를
연구전담요원으로 할 수 있다. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인분야의 연구전담요원의 경우에는
자연계분야가 아닌 분야의 학력을 가진 자로 할 수 있다[기술개발촉진법시행령 제15조 제3항].
(3) 기업부설연구소의 설립 절차
1) 기업부설연구소 인정 신청
기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 기술개발촉진법시행규칙 [별지 제7호 서식]에 의한 신고서에
다음의 서류를 첨부하여 협회["한국산업기술진흥협회"]장에게 제출하여야 한다[기술개발촉진법시행규칙
제7조 제2항].
① 연구사업개요서 1부
② 연구소의 조직 및 직원 현황 1부
③ 연구시설명세서 1부
④ 중소기업 또는 벤처기업이 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류 1부(중소기업 또는 벤처기업이
설립한 기업부설연구소에 한한다)
⑤ 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의
연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다)
2) 기업부설연구소 인정서 교부
협회["한국산업기술진흥협회"]장은 기업부설연구소 인정에 대한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는
때에는 [별지 제8호 서식]에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다
[기술개발촉진법시행규칙 제7조 제3항].
2. 연구개발 전담부서의 설치
과학기술부장관은 기업부설연구소 외에 다음의 요건을 갖추고 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의
연구개발전담부서("전담부서")에 대하여 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다
[기술개발촉진법시행규칙 제8조 제1항].
(1) 부서의 명칭
과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있을 것
(2) 당해 부서의 연구개발업무
과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있을 것
(3) 연구전담요원의 확보
자연계분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술?기능계의 기사 이상의 기술
자격을 가진 자(중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에 관한
학과의 소정의 과정을 이수하고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되거나 국가기술
자격법에 의한 기술·기능계의 산업기사의 기술자격을 가진 자로서 해당연구분야에 2년 이상 근무한자)
1인 이상이 연구전담요원으로 늘 확보되어 있을 것. 다만, 정보처리분야 또는 산업디자인분야의 연구
전담요원의 경우에는 자연계분야가 아닌 분야의 학력을 가진 자로 할 수 있다.
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